Il capitano Hunt della Confederazione dei Sistemi, assieme alla sua astronave Andromeda Ascendant, dopo una terribile battaglia è rimasto intrappolato per più di 300 anni, in stasi, al margine di un buco nero, ma grazie al soccorso dal vascello Eureka Maru, comandato da Beka Valentine, riesce a liberarsi. In questi tre secoli, la Confederazione si è disgregata e la civiltà nella galassia è caduta nel caos, dilaniata da spietate lotte tra molti popoli e fazioni. L'uomo decide di stringere un accordo con i mercenari che lo hanno appena liberato. Tutto l'equipaggio viene trasferito sulla Andromeda Ascendant ed inizia una nuova missione: combattere i nemici comuni per restaurare la Confederazione dei Sistemi e riportare la pace perduta.